{% set sample=sample_list|first %}
{% extends '测序数据质控/qc.html' %}
{% block background %}
<h1>比对信息统计</h1>
<p>
    利用BWA软件将质控后的测序片段（Clean Reads）比对到参考基因组，比对方法为MEM。
    Reads锚定到参考基因组后，可以统计其对参考基因组的覆盖情况，包括：基因组覆盖度（反映变异检测的完整性），
    基因组覆盖深度（影响变异检测的准确性），碱基覆盖深度分布（体现测序的随机性），等。
</p>
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{%block parameter%}
<h3>分析软件</h3>
<p>分析软件：bwa</p>
{%endblock%}
{% block tab %}
    <ul class="layui-tab-title">
        <li class='layui-this'>比对结果统计</li><li>插入片段分布</li><li>测序深度分布</li><li>基因组覆盖分布</li>
    </ul>
    <div class="layui-tab-content">
        <div id="比对结果统计" class="layui-tab-item layui-show">
            <table class="layui-table" lay-filter="demo">
                <thead>
                    <tr>
                    <th lay-data={align:"center",width:150,sort:true,field:"sample"}>sample</th>
                    {%for col in dict_sub[sample]%}
                    <th lay-data={align:"center",width:150,sort:true,field:"{{col[0]}}"}>{{col[0]}}</th>
                    {%endfor%}
                    </tr>
                </thead>
                <tbody>
                    {% for key in dict_sub %}
                    <tr>
                    <td>{{ key }}</td>
                    {%for col in dict_sub[key]%}
                    <td>{{ col[1] }}</td>
                    {%endfor%}
                    </tr>
                    {% endfor %}
                </tbody>
            </table>
        </div>
        <div id="插入片段分布" class="layui-tab-item ">
            <div class="layui-row">
                <div class="layui-col-xs12">
                    <form class="layui-form" >
                        <select id='tab1' lay-filter='tab1' >
                            {% for key in dict_sub %}
                            <option value='{{key}}' name='{{key}}' selected>{{key}}</option>
                            {% endfor %}
                        </select> 
                    </form>  
                </div>
            </div>
            {% for key in dict_sub %}
            <div class="layui-row layui-col-space20">                                        
                <div id='tab1-{{key}}' class='tab1-quater'>
                    <div class="layui-col-xs12" >
                        <label>{{key}} 插入片段分布图：</label>
                        <img style="width:50%;margin-top: 25px;margin-bottom: 50px;margin-right: auto;margin-left: auto;display: block;"  src="../../2.mapping/{{key}}/insert_size.png"/>
                        <p>注：横坐标表示样品测序文库插入片段大小，纵坐标表示该长度范围所对应的reads数或比例，峰值部分即文库插入片段的中心位置。</p>
                
                    </div>  
                </div>                                 
            </div>                                                   
            {% endfor %}
        </div>  
        
        <div id="测序深度分布" class="layui-tab-item">
            <div class="layui-row">
                <div class="layui-col-xs12">
                    <form class="layui-form" >
                        <select id='tab2' lay-filter='tab2' >
                            {% for key in dict_sub %}
                            <option value='{{key}}' name='{{key}}' selected>{{key}}</option>
                            {% endfor %}
                        </select> 
                    </form>  
                </div>
            </div>
            {% for key in dict_sub %}
            <div class="layui-row layui-col-space20">                                        
                <div id='tab2-{{key}}' class='tab2-quater'>
                    <div class="layui-col-md6" >
                        <label>{{key}} 测序深度分布图：</label>
                        <img style="width:80%;margin-top: 25px;margin-bottom: 50px;margin-right: 50px"  src="../../2.mapping/{{key}}/depth_distribution.png"/>
                        <p>注：横坐标表示测序深度，即Reads覆盖度，纵坐标表示某一深度reads序列数，峰值部分即测序数据的平均深度。</p>
                    </div>
                    <div class="layui-col-md6" >
                        <label>{{key}} 测序深度累积分布图：</label>
                        <img style="width:80%;margin-top: 25px;margin-bottom: 50px;margin-right: 50px"  src="../../2.mapping/{{key}}/depth_cumulative.png"/>
                        <p>注：横坐标表示测序深度，即Reads覆盖度，纵坐标表示大于等于某一深度reads序列总数。</p>
                    </div>
                </div>                                   
            </div>                                                   
            {% endfor %}
        </div>

        <div id="基因组覆盖分布" class="layui-tab-item">
            <div class="layui-row">
                <div class="layui-col-xs12">
                    <form class="layui-form" >
                        <select id='tab3' lay-filter='tab3' >
                            {% for key in dict_sub %}
                            <option value='{{key}}' name='{{key}}' selected>{{key}}</option>
                            {% endfor %}
                        </select> 
                    </form>  
                </div>
            </div>
            {% for key in dict_sub %}
            <div class="layui-row layui-col-space20">                                        
                <div id='tab3-{{key}}' class='tab3-quater'>
                    <div class="layui-col-xs12" >
                        <label>{{key}} 基因组覆盖分布图：</label>
                        <img style="width:80%;margin-top: 25px;margin-bottom: 50px;margin-right: auto;margin-left: auto;display: block"  src="../../2.mapping/{{key}}/genome_cov.png"/>
                        <p>注：横坐标表示滑窗数（滑窗数×窗口大小=染色体长度）；每一块表示一条染色体；纵坐标为染色体上对应位置的平均覆盖深度取2的对数（Log2）所得到的值。</p>
                    </div>
                </div>                                   
            </div>                                                   
            {% endfor %}
        </div>
    </div>
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